Zarządzanie bezpieczeństwem informacji przetwarzanych w systemie BDO zostało zapewnione na najwyższym poziomie, zgodnie z obowiązującymi regulacjami prawnymi oraz najlepszymi dostępnymi rozwiązaniami technicznymi. W Ministerstwie Klimatu i w Instytucie Ochrony Środowiska – Państwowym Instytucie Badawczym obowiązuje System Zarządzania Bezpieczeństwem Informacji i spełnione są wymagania Polityki bezpieczeństwa Krajowego Węzła Identyfikacji Elektronicznej. Zabezpieczenia obejmują zarówno zabezpieczenia techniczne systemu, jak i zabezpieczenia organizacyjne, w tym w zakresie klasyfikacji informacji (m.in. dane osobowe, tajemnica przedsiębiorstwa), kontroli dostępu do tej informacji oraz zgłaszania incydentów bezpieczeństwa informacji. System BDO jest dobrze zabezpieczony przed wyciekiem danych i nie odnotowano żadnego incydentu wycieku danych od początku powstania systemu.

Do informacji przetwarzanych w BDO mają dostęp wyłącznie podmioty i użytkownicy uprawnieni zgodnie z przepisami ustawy z dnia 14 grudnia 2012 r. o odpadach i w zakresie uregulowanym przepisami wykonawczymi do tej ustawy. Wyznaczenie przez podmiot użytkownika indywidualnego konta podmiotu w BDO oznacza, że podmiot nadał użytkownikowi upoważnienie do dostępu do danych podmiotu przetwarzanych w BDO.

Dla wzmocnienia ochrony danych, w ustawach szczególnych (np. ustawa z dnia 11 września 2015 r. o zużytym sprzęcie elektrycznym i elektronicznym, ustawa z dnia 13 czerwca 2013 r. o gospodarce opakowaniami i odpadami opakowaniowymi) zawarto ustawowy obowiązek zachowania danych w tajemnicy przez organizacje odzysku. Ponadto, zgodnie z art. 23 w zw. z art. 11 ustawy z dnia 16 kwietnia 1993 r. o zwalczaniu nieuczciwej konkurencji pozyskanie, wykorzystanie we własnej działalności gospodarczej lub ujawnienie cudzych informacji stanowiących tajemnicę przedsiębiorstwa, niezależnie od odpowiedzialności odszkodowawczej, jest czynem nieuczciwej konkurencji, który w przypadku poważnej szkody przedsiębiorcy podlega grzywnie, karze ograniczenia wolności albo pozbawienia wolności do lat 2.