Podmioty wpisane do BDO nie mają, w ramach swojego konta, opcji tworzenia indywidualnych baz firm zajmujących się transportem i przetwarzaniem odpadów. W BDO znajdują się wszystkie podmioty wpisane do rejestru, który stanowi integralną część Bazy danych o produktach i opakowaniach oraz o gospodarce odpadami. Podmioty wpisywane do rejestru są przez marszałków województw za wyjątkiem podmiotów, które zgodnie z ustawą o odpadach nie podlegają wpisowi do rejestru. Podmiot przekazujący odpady wybiera w BDO podmioty, którym przekazuje odpady i które będą te odpady transportowały.