Zmiana masy odpadów na KPO istnieje na kilku etapach, gdy karta posiada status „planowana”, „zatwierdzona”, „odrzucona” taką możliwość otrzymał podmiot wystawiający kartę (podmiot przekazujący odpady). Natomiast podmiot przejmujący odpady posiada możliwość odrzucenia karty podczas przejęcia odpadów, gdy karta posiada status „potwierdzenie wygenerowane”. Gdy na KPO została wpisana zła masa, podmiot przejmujący powinien odrzucić taką kartę, podając przyczynę odrzucenia.